慢性便秘的鉴别诊断中，应注意（1）功能性便秘和盆底排便障碍，（2）功能性便秘和肠易激综合征，（3）先天性巨结肠和结肠假性肠梗阻的鉴别。　　功能性便秘（functionalconstipation）和盆底功能障碍（pelvicfloordyssynergia）：前者指无器质性疾病证据的慢性便秘。部分功能性便秘患者有盆底障碍的表现，后者需伴有盆底障碍的表现。即符合罗马II的功能性便秘的诊断标准，还需具备盆底障碍的客观依据，即：（1）、有肛门直肠测压、肌电图或X线检查的证据，表明在反复作排便动作时，盆底肌群不合适的收缩或不能放松，（2）、力排时直肠能出现足够的推进性收缩，（3）、并有粪便排出不畅的证据。　　功能性便秘和便秘型肠易激综合征[2]：两者均属于功能性肠病，X线钡剂灌肠或结肠镜检查均不显示有病变，也无系统性疾病的证据，罗马II对FC和IBS均有详细的诊断标准[2]。所不同的是IBS患者有腹痛和/或腹胀，且和异常的排便（便秘或腹泻）有关。IBS的亚型有便秘型（C-IBS）、腹泻型（D-IBS）以及交替型（A-IBS）。其中，C-IBS的罗马II诊断标准强调了患者有便次减少、粪便变硬和排便困难等。　　先天性巨结肠（Hirschsprung'sdisease，HD）和结肠假性梗阻：两者均为动力障碍疾病。但前者是由于远端结肠病变肠段肌间神经丛缺乏神经节细胞，使结肠的正常蠕动和肛门内括约肌对直肠扩张的反射性松弛消失，钡剂灌肠可显示病变肠段呈不规则狭窄，与正常肠段有一过度区，呈圆锥形[8]，而近端结肠扩张。临床大多为慢性便秘症状，肛指检查时可诱发排气与排出糊状粪便。直肠肛门测压显示直肠内压高于正常，伴波频增加，肛管上部频率降低，波幅增宽。用气囊扩张直肠后缺乏肛门直肠抑制反射。直肠活检HE染色可以确诊HD;乙酰胆碱酯酶活性（acetycholinesterase）增加。结肠假性梗阻属肠道肌肉神经疾病，又称Ogilvie综合征，表现为严重便秘，腹胀和腹膨隆，结肠普遍扩张，但不存在机械性梗阻。结肠假性梗阻可继发于糖尿病、硬皮病、腹部手术后等